Công tác đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm của Trường Mầm non Pu Nhi luôn được nhà trường đặt lên hàng đầu. Là một trường có tỷ lệ trẻ ăn bán trú 100%. Mỗi ngày trẻ được ăn 2 bữa tại trường, với thực đơn được thay đổi hàng ngày để bảo đảm sự phong phú và đủ chất dinh dưỡng theo yêu cầu. Nhận thức được tầm quan trọng của việc giữ gìn vệ sinh an toàn thực phẩm cho trẻ, nhà trường đã đầu tư vào hệ thống nhà bếp. Đội ngũ nhân viên nhà bếp cũng như giáo viên của trường thường xuyên được tập huấn kiến thức, kỹ năng để đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm trong các bữa ăn. Nhà trường tăng cường hơn công tác vệ sinh cho trẻ, đặc biệt là đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm. Không chỉ thực phẩm đảm bảo an toàn, việc chế biến thức ăn, quá trình bảo quản thực phẩm đều phải tuân thủ theo quy trình bếp từ khâu sơ chế, đến khâu chia thức ăn. Nhà trường thường xuyên tổ chức tổng vệ sinh từ khu vực bếp đến phòng học; theo dõi sức khỏe của trẻ, đồng thời trực tiếp tuyên truyền, trao đổi với phụ huynh để cùng giữ vệ sinh, bảo vệ sức khỏe cho trẻ.
Để đảm bảo nguồn gốc thực phẩm rõ ràng, nhà trường đã ký kết hợp đồng với phòng giáo dục tìm người tin cậy để để cung cấp thực phẩm tươi sạch, có uy tín, đảm bảo chất lượng; có lưu mẫu thức ăn trong vòng 24 giờ; đội ngũ nhân viên nhà bếp đã được tập huấn kiến thức về vệ sinh an toàn thực phẩm và được khám sức khỏe định kỳ; đưa kiến thức về dinh dưỡng, vệ sinh an toàn thực phẩm lồng ghép tuyên truyền cho các bậc cha mẹ ở các lớp như; treo tranh ảnh, áp-phích về vệ sinh an toàn thực phẩm tại các bảng tin, góc tuyên truyền của nhà trường,…để phụ huynh học sinh cùng có trách nhiệm quan tâm đến sức khỏe của trẻ.